为了适应新世纪科技发展的需要，深入贯彻落实新时期的办院方针，进一步激励科技工作者的创新精神，并鼓励其矢志为人类科技事业做出重大贡献的信念，中国科学院秉承国家科技奖励制度的变革，结合国立科研机构的特点，于2002年设立了中国科学院杰出科技成就奖，2003年首次颁奖。

中国科学院杰出科技成就奖授予院属单位在近五年内完成或显示影响的重大成果的个人或集体，每两年评选一次，每次授奖总数不超过10个，其中每个获奖集体的突出贡献者不超过3人。获奖者由中国科学院院长签署奖励证书并颁发奖章或奖杯。