长期拥有上百个研究所的中国科学院，对中国科学进步有很大的贡献。

但是，近十几年的变化，特别是国内格局的变化和国际形势的变化，科学院没有预计到，更可惜没有相应措施，基本按原轨道扩大，所以在两个重要问题上，出现了模糊，甚至不能说现在科学院没有面临两个难题。

一是定位：科学院是做什么的？

二是定格：科学院是什么水平？

这两个问题，以前都不是问题，答案都非常清晰：

1）科学院是做科学研究的，以基础科学为主，也做相当量的应用科学，有时参与国家一时最重大的需要（如两弹一星）；

2）科学院的研究人员基本是中国科学最高水平。

现在这两个问题的答案都模糊了，有人认为有争议，有人认为可能走入了困境。

无论是民国时期，还是共和国前五十年，因为中国经费缺乏，科研经费主要集中于早先的中央研究院和后来的中国科学院。

民国时期，少数外国资助的机构研究条件远优于中央研究院，因为那时中国的整体能够投入科学的条件无法与国外集中投入中国个别机构的资助相比较，即使外国总体投入中国并不多。

2000年之前，无论是中国的高校，还是企业，科研普遍远不如国家科研机构，也就是中国科学院。

1999年北大清华率先提出“建设世界一流大学”，科学院同时提出“知识创新计划”，本质上一样是救穷计划，为了稳定一批年轻人，减少科学人才急剧大规模外流、缓解国内科学界青黄不接。

但中国经济发展很快，到五年之后，这两个计划逐渐变成真正的发展和建设计划。

这时，大学自然是继续以基础科学为主，数学、物理、化学、生物、计算机等等。而令人感叹的是：同期科学院也继续按原定位、走原轨道，只是争取更多资源，扩大规模。

如果没有中国大学的科学蓬勃发展，如果没有美国对中国的卡脖子姿态，中国科学院按原轨道未尝不可，继续有大量的与高校学科完全重叠的“数学研究所”、“物理研究所”、化学研究所“、”生物物理研究所“、”植物研究所“等等。

但是，中国高等学校的发展使基础科学的重心出现移动。

高等学校，自然是”数学系“、”化学系“等教学与研究相匹配的基础系科为主。而一些工科院校也有很多应用研究。

国际上，美国对中国显示的卡脖子姿态让我国上下对前沿技术、应用研究有紧迫感。

我国因此成立了国家实验室。

按国家领导公开宣布的定义”要打造大批一流科技领军人才和创新团队，发挥国家实验室、国家科研机构、高水平研究型大学、科技领军企业的国家队作用“。

那么，国家实验室是应用研究，高水平研究型大学是基础研究，科技领军企业是开发和应用。

这样就出现了以上的第一个问题：国家科研机构（首当其冲的中国科学院）定位是什么？

可能就不是非常清楚。任何定位都与以上三方面重叠，只是与谁重叠的多。

如果过去十几年，科学院意识到研究所与高等学校研究方向重叠，而当高等学校与科研机构重叠时，不可能是高等院校的系科改变定位和目标。

而如果科学院的研究所改变定位（例如变成”能源研究所“、”材料研究所“等等），就没有必要成立国家实验室。事实上这也是2003年左右科学院反对建立国家实验室的主要理由：科学院就是国家实验室。

但十几年来，科学院继续按原模式，主要是增加了资源、人员和体量。在国家有急切应用需求的时代，成立聚焦于前沿应用的国家实验室，就”师出有名“。

中国科学院，本来还有一个方法：其研究人员和质量高于、远高于高校。

从1950至2000基本事实是：中国科学院确实聚集了全国最高质量的研究力量。

但是，二十年来全国高校不断努力，其研究力量显著提高。

科学院已经不再有人才优势。

在理科人才方面，有两种人才：年资高的和年轻的。科学院在多个学科，都体量很大。例如其生命科学有十几个研究所。一个研究所的规模一般大于高校的一个学院。所以，科学院轻轻松松就可以比高校的质量强。

但是，十几年来，有些高校招聘高质量年资高的科学家方面非常努力，这些人又能挑选和支持优秀的年轻人。

因此，虽然科学院也招聘了很多年轻人才，但招聘年资高的非常少。

科学院从资源到体量本来都比高校更容易其招聘年资高的教授。

但科学院从院领导层到各所、以及主要教授和研究员，很少费力招聘高年资教授，有些甚至反感。

这样一来，科学院的研究力量今天只是体量大于高校，但质量并不高于高校。如果说有些高校有些院系超过科学院的研究所，恐怕争议并不一定很大。

所以，科学院失去了高质量的优势，在国家科研力量的定位就更为模糊。

在国家实验室成立初期，自然会吸收高校和科学院的人员，正如七十年前科学院吸收高校的顶尖科学家一样。

科学院现在两难：如果不让自己的科研人员加入国家实验室，显得力量不够。如果让自己的人员加入国家实验室，那么最好的人离开后，会弱化科学院。

所以，定位和定格，成为科学院目前的两大难题。

化解这两大难题，让科学院目前集聚的科学力量，为中国发展发挥很好的作用，需要智慧和责任心。